Tên gọi của thành phố thời cổ đại là Elath hay Ailath.Tên gọi này có lẽ bắt nguồn từ tên tiếng Semit của loài cây pistacia.[14] Thành phố Eilat của Israel thời kỳ hiện đại (thành lập năm 1947), nằm ngay phía tây Aqaba, cũng đặt tên của mình dựa trên thành phố cổ.Trong thời kỳ Hy Lạp hóa, thành phố này đổi tên là Berenice, tuy nhiên tên gốc vẫn phổ biến, trong khi vào thời La Mã tên được La Mã hóa thành Aela hoặc Haila, trong tiếng Hy Lạp Byzantin là Άιλα (Aila) và tiếng Ả Rập là Ayla (آيلة).[15]

Tên hiện nay al-ʿAqaba (العقبة) là tên ngắn của al-ʿaqabat Aylah (آيلة العقبة) "đèo Ayla", lần đầu được nhắc tới vào thế kỷ 12 bởi Idrisi, vào thời mà thành phố hoàn toàn là một cứ điểm quân sự, để chỉ một con đèo ở đông bắc thành phố (29°33′32″B 35°05′42″Đ / 29,559°B 35,095°Đ / 29.559; 35.095, nay được thay bằng Xa lộ Aqaba).[16][17]